مقالات مذهبی: در پی واکنش بسیاری از اساتید حوزه علمیه درباره تغییرات ناگهانی و غیر کارشناسی در نظام آموزشی حوزه حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی از مراجع عظام تقلید نیز نسبت به این تغییرات واکنش نشان داد. ایشان با اشاره به جایگاه علمی رفیع شیخ انصاری و آخوند خراسانی و کتاب‌های «رسائل» و «مکاسب» و «کفایه» درباره کم‌اعتنایی به این کتاب‌ها در برنامه آموزشی جدید حوزه‌های علمیه اظهار نگرانی کردند.
این مرجع تقلید شیعیان گفته است: مقام علمی مرحوم شیخ انصاری تا بدانجا بود که بزرگانی همچون میرزای شیرازی گوشزد می‌کردند که نمی‌توان به‌آسانی از کنار نظرات ایشان عبور کرد. موسّس حوزه علمیه قم، مرحوم آیت‌الله العظمی حائری، ضمن نقل داستانی از مرحوم میرزای شیرازی اشاره کردند که: «میرزا به توضیح عبارتی از بحث طهارتِ شیخ انصاری پرداخت که ما آن را نفهمیده بودیم.»
آیت‌الله شبیری زنجانی درباره کتاب «رسائل» شیخ انصاری خاطر نشان کرده‌اند: در درس شیخ انصاری، بسیاری از فحول مجتهدین حضور داشتند و ایشان در مقابل مقام علمی شیخ، خاضع بودند. «رسائل» شیخ انصاری از کتب ارزشمند اصولی است که مولّف، خود در اواخر عمر، آن را به‌عنوان کتاب سطح تدریس می‌کرده‌است. ویژگی‌های علمی مهمّ این کتاب و ارزش والای آن و پذیرش کتاب در جامعه حوزوی، سبب شده که این کتاب به‌طور طبیعی به‌عنوان متن درسی و محور تحقیق قرار گیرد.
ایشان کفایه آخوند خراسانی را یکی از کتابهایی دانستند که سالهاست توسط مجتهدان بزرگ در حوزه‌های علمیه تدریس می‌شود. ایشان افزودند: کتاب «کفایه الاصول» هم، از همان زمان مولّف، مورد توجّه علما قرار گرفته است. از مرحوم آقا رضی شیرازی شنیدم که مرحوم میرزا محمّدتقی شیرازی، در زمان حیات مرحوم آخوند، «کفایه» را تدریس می‌کرده‌است؛ موقعیت والای علمی میرزا محمّدتقی شیرازی نیز، بر اهل فضل پوشیده نیست. از مرحوم آقا شیخ عبدالکریم خوئینی -که شاگرد مرحوم آخوند و مرحوم شریعت اصفهانی بود- شنیدم که می‌گفت: «منزل آقای شریعت اصفهانی، نزدیک محلّ تدریس آخوند بود و ایشان از پشت‌بام منزل به درس مرحوم آخوند گوش می‌کرد. صبح‌ها که به درس آقای شریعت می‌رفتم، مطالب آخوند را ساده‌تر بیان می‌کرد و ما آنجا، تازه مطالب آخوند را می‌فهمیدیم.» کسانی همچون آقای شریعت، با آن جلالت، این‌گونه با مطالب مرحوم آخوند برخورد می‌کردند.
حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی ادامه داده‌اند: دیگر بزرگان معاصر مرحوم آخوند نیز، مقام علمی ایشان را پذیرفته بودند؛ حتّی شنیدم که عالم بزرگ اهل معنای معاصر ایشان، مرحوم شیخ علی‌محمّد نجف‌آبادی (متوفّای ۱۳۳۲) در روز وفات خویش مایل بوده که از «کفایه» مرحوم آخوند، مطالبی برای وی بخوانند تا او بشنود.
توجّه خاصّ علما به «کفایه الاصول» سبب شده که این کتاب، متن درسی و جایگزین کتب پیشین گردد و در این میان، هیچ الزامی در کار نبوده‌است.
این مرجع تقلید تکامل نظام آموزشی حوزه و ارتقاء آن را «سودمند» دانسته و تصریح کرده‌اند: تکامل نظام آموزشی حوزه و ارتقای آن، سودمند است؛ امّا باید توجّه داشت که این صحیح نیست که به هر قیمتی، تحوّل در نظام آموزشی صورت پذیرد؛ بلکه مهمّ، ارتقای متون آموزشی است و تا وقتی که کتب علمی، در سطح بالاتری از «رسائل» و «مکاسب» و «کفایه» تدوین نشده که مورد پذیرش حوزه‌های علمیه قرار گیرد، جایگزین‌کردن کتاب‌های دیگر، تنها افت تحصیلی را به دنبال دارد.
حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی گفته اند: توجّه به این نکته لازم است که تدریس متون ارزشمند پیشین، این امتیاز را نیز دارد که طلّاب می‌توانند از سال‌ها تجربه اساتید گران‌قدری که این کتب را با دقّت و حوصله تدریس کرده‌اند و بر زوایای آنها اشراف کامل دارند، بهره‌مند شوند. ازسوی دیگر، این سه کتاب، سال‌ها مورد توجّه و اعتنای بزرگان بوده و از زوایای گوناگون، بررسی و تحقیق شده‌اند و علاوه بر حواشی و شروح بسیاری که در توضیح و تبیین و نقد مطالب این کتاب‌ها نگارش یافته، محور درس‌های خارج فقهای برجسته در فقه و اصول بوده‌اند و جایگزین کردن آنها با متون دیگر – که به هیچ‌وجه، این ویژگی‌ها را ندارند – به‌معنای محروم ساختن طلّاب و جامعه علمی از ده‌ها سال پژوهش و تحقیق است و به تضعیف بنیان‌های علمی حوزه‌ها می‌انجامد و خسارت جبران‌ناپذیری به همراه دارد.
